Как сделать Gif-анимацию по кадрам можно посмотреть здесь gif-анимация Photoshop
Для этого нужно переключиться в меню панели анимации в режим покадровой анимации.
Там нужно выбрать - Преобразовать в покадровую анимацию.
Анимация с помощью временной шкалы делается так:
Сначала добавляем необходимые для анимации слои, в нашем случае сделаем анимацию из двух слоев. Устанавливаем метку времени в начало шкалы и нажимаем на временной шкале на значках часов около пункта Непрозрачность - на временной шкале появляются ромбики. Задаем для слоев значение непрозрачности - для одного 100% для другого 0%
Выставляем значение непрозрачности для слоев
Дальше передвигаем метку времени дальше и меняем значение прозрачности слоев на противоположные.
На следующем шаге двигаем метку времени, а для непрозрачности слоев задаем теже значения что и на предыдущем шаге, чтобы анимация не менялась слишком часто.
Для третьей позиции задаем начальные значения непрозрачности для слоев.
Потом двигаем метку времени немного вперед и из меню анимации выбираем пункт Задать конец рабочего участка.
Теперь можно посмотреть что получилось и сохранить gif файл с помощью пункта меню Файл - Сохранить для веб