Временную цену для товара (обычно это скидка) можно задать в поле Override

В настройках virtuemart задаем вывод цены - Фактическая цена без налога

Перечеркнутая цена теперь выводится, но почему-то у всех товаров..

Поэтому, чтобы перечеркнутая цена выводилась только у товара со скидкой, правим файл 

com_virtuemart/sublayouts/products.php
либо
com_virtuemart/sublayouts/products.php

В зависимости от того, какой файл подгружается при выводе товаров.

Находим строку

echo $this->currency->createPriceDiv( 'priceWithoutTax', ' ', $product->prices );

комментируем ее и добавляем рядом

if ($product->prices['salesPrice'] != $product->prices['priceWithoutTax']){
 echo $this->currency->createPriceDiv( 'priceWithoutTax', ' ', $product->prices );
}