Чтобы обновить Joomla с линейки 2.5 на 3, нужно поменять сервер обновления. Вместо Дистрибутивы Joomla с длительным периодом поддержки (рекомендуется) задать Дистрибутивы Joomla с краткосрочной поддержкой.
Поменять можно выбрав Компоненты - Обновление Joomla - Настройки
Если в компонентах нет такого пункта, можно перейти к нему через Сайт - Панель управления
Или перейти по ссылке administrator/index.php?option=com_joomlaupdate