Если верхнее меню находится не в самом верху страницы, а под шапкой, например, закрепить его в верху страницы при прокрутке страницы можно с помощью плагина Bootstrap Affix.
Добавим следующие атрибуты data-spy и data-offset-top:
<nav class="navbar navbar-default navbar-static-top" data-spy="affix" data-offset-top="100">
И CSS:
.navbar-default.affix {
top:0;
left:0;
right:0;
}
Плагин Affix подобным образом можно использовать с любым html блоком.