Добавить flash на весь экран при загрузке сайта можно например так.

Заставка должна открываться один раз при открытии сайта. Значит нужно запоминать это событие в сессии.

$session = JFactory::getSession();
$first = $session->get('first', 1);

Flash разместим в блок div с id #new2012 и в параметрах flash зададим ширину и высоту 100%, для блока в котором находится flash будем задавать размер окна браузера при событии onresize.

Поместим блок с flash в обертку #new2012wrap и в нее же ссылку для закрытия заставки. Для всего этого задаем абсолютное позиционирование.

В результате получается такой код.

Для head страницы:

<?php
$session = JFactory::getSession();
$first = $session->get('first', 1);

if ($first){
?>

<style type="text/css">
html{
overflow:hidden;
}
#new2012{
position:absolute;
z-index:10000;
width:100%;
background:#fff;
}
#new2012wrap{
position:absolute;
top:0;
left:0;
width:100%;
z-index:9999;
background:#fff;
}
#close{
position:absolute;
display:block;
width:200px;
height:50px;
line-height:50px;
top:20px;

z-index:11000;
cursor:pointer;
color:#fff;
font-family:Verdana;
background:transparent;
font-size:18px;
}
</style>
<script type="text/javascript">
window.addEvent('domready', function() {
//setTimeout("el.style.display = 'none'", 7000);
resizeflash();
window.onresize= resizeflash;
});

function resizeflash()
{
var elwrap = document.getElementById('new2012wrap');
var elclose = document.getElementById('close');
var el = document.getElementById('new2012');

var w = getClientWidth();
var h = getClientHeight();

var w = getClientWidth();
var fl = document.getElementById('fl');
fl.setAttribute("width", w);
fl.setAttribute("height", h);

elclose.style.left = (w-elclose.clientWidth)/2+'px';

elwrap.style.left = '0px';
el.style.left = '0px';

elwrap.style.width = w+'px';
elwrap.style.height = h+'px';
el.style.width = w+'px';
el.style.height = h+'px';
}
function getClientHeight()
{

return document.compatMode=='CSS1Compat' ? (document.documentElement.clientHeight):document.body.clientHeight;
}
function getClientWidth()
{
return document.compatMode=='CSS1Compat' ? document.documentElement.clientWidth:document.body.clientWidth;
}
function closeblock()
{

var b = document.getElementsByTagName('html');

b[0].style.overflow = 'auto';
var elwrap = document.getElementById('new2012wrap');
elwrap.style.display = 'none';
}

</script>

<?php
}

?>

После тэга body добавляем html код с заставкой:

<?php
if ($first){
?>
<div id="new2012wrap">
<img src="/images/button_ng.png" id="close" onclick="closeblock();" />
<!-- <a href="#" id="close" onclick="closeblock();">Перейти на сайт</a> -->
<div id="new2012">
<object id="fl" classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0" height="100" width="100"><param name="wmode" value="opaque" /><param name="quality" value="high" /><param name="movie" value="images/flash/domik-3.swf" /><embed wmode="opaque" height="100%" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" quality="high" src="/images/flash/domik-3.swf" type="application/x-shockwave-flash" width="100%"></embed></object>
</div></div>

<script type="text/javascript">
var elwrap = document.getElementById('new2012wrap');
var el = document.getElementById('new2012');

var w = getClientWidth();
var h = getClientHeight();

elwrap.style.width = w+'px';
elwrap.style.height = h+'px';
el.style.width = w+'px';
el.style.height = h+'px';
</script>

<?php
}
if ($first){
	$session->set('first', 0);
}
?>

Заставка будет закрываться при клике по ссылке Перейти на сайт.

Чтобы она закрывалась через заданный промежуток времени, нужно использовать функцию setTimeout для события domready.

Вариант для mootools:

window.addEvent('domready', function() {
    setTimeout("closeblock", 7000);
});