Статьи по Joomla. Веб, хостинг.

Для этого используется объект класса JDocument (http://docs.joomla.org/JDocument). В шаблоне к нему можно обратится с помощью $this.

Для доступа к свойствам head раздела html страницы используем метод getHeadData

$headerstuff = $this->getHeadData();

Который возвращает следующий массив - http://docs.joomla.org/JDocumentHTML/getHeadData

Нам нужны записи о скриптах - scripts:

$scripts = $headerstuff['scripts'];

Теперь перебираем этот массив и ищем в нем mootools.js и caption.js 

foreach($scripts as $url=>$type) {
    if (strpos($url, 'js/mootools.js') !== false || strpos($url, 'js/caption.js') !== false) {
      unset($headerstuff['scripts'][$url]);
    }
}

unset удаляет эти элементы массива.

Теперь задаем новое содержание для head:

$this->setHeadData($headerstuff);

Все это делается до вывода head:

<jdoc:include type="head" />