При входе в админку, то есть при отправке логин, пароля - долгое ожидание, затем 504 ошибка..
Думал, может идет большое количечество запросов к сайту, но оказалось, что таблица сессий (session, как-то так называется) имела размер 500мб.
После очистки таблицы - 504 ошибка при входе не случалась.
И, чтобы не возвращаться снова к очистке таблицы добавил задание в cron, чтобы раз в неделю запускался sql скрипт по очистке таблицы с сессиями.
Файл с SQL скриптом выглядит так:
TRUNCATE TABLE `j25_session`
В планировщик ISP 5 добавляем задание с командой:
mysql -f -пользователь_базы -pпароль_к_базе имя_базы < /var/www/site1/data/www/cron/sql-week.sql