На сайте вирус дописал код в конец многих файлов. После лечения перестали выводится кнопки toolbar в админке.

В файле раскладки модуля тулбара не было строки, которая выводит этот модуль.

Модуль заработал после добавления этой недостающей строки.

Поэтому, в таких случаях, хорошо иметь исходный дистрибутив для перезаливки всех файлов. Если, конечно, не делались изменения в исходном коде.