Если вдруг какой-то скрипт в файлах на сайте сделал вставку однотипного кода, который может, например, использоваться для фишинга, то можно использовать для очитски сайта код о котором писалось ранее.

Прочитать об этом >> Удаление кода вируса в файлах на сайте

Правда, при этом нужно еще поискать на сайте сам этот скрипт, который все это дело натворил...

И даже если мы его нашли, не факт, что нет еще какого-нибудь подобного скрипта в дебрях папок на сайте, тогда история с заражением файлов может повториться заново.

В этом случае можно попробовать сделать полную очистку сайта. При этом мы предполагаем, что в базу вирус не проник. Вредоносный код может также быть, например, в содержании html модуля.

Но мы рассматриваем сейчас вариант, когда вирус размещается на сайте в виде файла.

Суть полной очистки сайта в том, что мы удаляем все файлы сайта (предварительно все же сделав бэкап), дальше устанавливаем Joomla заново и загружаем старую базу сайта, новые установленные таблицы будут удалены. Если префиксы таблиц отличаются, то их нужно привести к одному виду.

Если на сайте была устаревшая версия Joomla, то нужно будет еще обновить таблицы сайта до новой версии.

Это делается через Компоненты / Менеджер расширений / База данных. Там нажимаем кнопку исправить.

Дальше, нужно установить недостающие компоненты. Но, возможно, при установке расширения мы получим сообщение об ошибке. Тогда открываем с помощью phpMyAdmin таблицу #__assets и удаляем оттуда записи связанные с этим расширением.

Теперь расширение должно установиться и предыдущие его настройки, которые хранятся в базе должны сохраниться.

Обычно расширение при установке не удаляет существующие таблицы из базы, а обновляет их до актуальной версии. Поэтому скорее всего данные сохраняться)

Теперь на нужно закачать на хостинг папку с картинками и шаблоном сайта. Ну и по ситуации, возможно, другие папки, которые создавались на сайте. В более сложных случаях, возможно, будут нужны файлы из папки Media.

Перед загрузкой файлов желательно проверить нет ли там вирусов, обычно это php файлы, поискать их на локальном компьютере можно с помощью средств поиска, которые есть в проводнике.

Нужно быть особо внимательным с файлами шаблона, что может быть затруднительно, потому как файлов может быть много и помимо добавленного в шаблон файла с вирусом могут быть вставки кода вируса в файлы шаблона, часто они сразу не заметны, поскольку делается отступ пробелами и код уходит из области видимости тестового редактора вправо, то есть нужно еще подвигать горизонтальной линейкой прокрутки)

Хорошо, когда есть на хостинге антивирус, проверку на вирусы можно будет сделать уже при загрузке всех файлов на хостинг.

Подобный антивирус есть на реселлерском хостинге от resellerclub.com.

Я, к примеру, иногда, если делаю проверку сайта на вирусы для проверки загружаю шаблон в tmp папку на этом хостинге от resellerclub и запускаю антивирус)