В Joomla 2.5 обычно использовалось выпадающее меню, при наведении курсором мышки на пункт. В Bootstrap меню выпадает при клике на пункт, пункт этот имеет ссылку #.

Как сделать меню в стиле Bootstrap в шаблоне Joomla?

Можно подредактировать файл раскладки модуля меню, но проще, наверное, будет добавить в конец шаблона такой js код:

<script type="text/javascript">
(function($){
$(document).ready(function(){
// dropdown
if ($('.parent').children('ul').length > 0) {
$('.parent').addClass('dropdown');
$('.parent > a').addClass('dropdown-toggle');
$('.parent > a').attr('data-toggle', 'dropdown');
$('.parent > a').append('<b class="caret"></b>');
$('.parent > ul').addClass('dropdown-menu');
}
});
})(jQuery);
</script>
<script type="text/javascript">
$('.dropdown input').click(function(e) {
e.stopPropagation();
});
</script>
<script type="text/javascript">
$('.dropdown-menu .dropdown-submenu a[data-toggle="dropdown-submenu"]').click(function (e)
{
e.stopPropagation();
});
</script>

Возможно, нужно еще будет добавить такой код в css код шаблона :

.nav ul {
    display:none;
}

чтобы при загрузке страницы подменю не было развернуто.