Удобно css код разбивать на отдельные файлы, в результате получается около 5 css файлов для шаблона. Чтобы уменьшить количество загружаемых в шаблоне, можно их загружать одним php файлом.
Для этого положим в css папку, где находятся ccs файлы php файл такого содержания:
<?php
header('Content-type: text/css; charset=UTF-8');
include( 'reset.css' );
include( 'layout.css' );
include( 'template.css' );
include( 'modules.css' );
include( 'menus.css' );
?>
И добавим в index.php шаблона такой код:
<link rel="stylesheet" href="<?php echo $tmpTools->templateurl(); ?>/css/css.php" type="text/css" />
<?php echo $tmpTools->templateurl(); ?>
Это путь к css папке - templates/название_шаблона
Для js файлов используется такой заголовок:
header('Content-type: application/x-javascript');