Упорядочить поля в модуле фильтра для Virtuemart Multiple customfield получилось следующим образом:

Перед циклом 

foreach($types as $type)

в файле

mod_virtuemart_param_filter/default.php

Добавил следующий код:

$orderTypes = array();
$virtuemart_custom_ids = array(4,13,9,31,25,28,29,30);

foreach($virtuemart_custom_ids as $custom_id){
	foreach($types as $type){
		if($type->virtuemart_custom_id == $custom_id){
			$orderTypes[] = $type;
		}
	}
	reset($types);
}

$types = $orderTypes;

где

array(4,13,9,31,25,28,29,30)

Массив с id полей в нужном порядке.