Значения поля корзины выводятся вперемешку, а хотелось бы, чтобы они шли в каком-то нужном порядке.

Упорядочить получилось с помощью хака. 

Сначала упорядочиваем значения поля при настройке пользовательского поля.

Потом в файле плагина

plugins/vmcustom/param/param.php

примерно на 750 строке добавляем следующее:

$q .= ' ORDER BY ordering';

Получается вот такой код:

$q = 'SELECT * FROM `#__virtuemart_product_custom_plg_param_values` as v';
$q .= ' LEFT JOIN `#__virtuemart_product_custom_plg_param_ref` as r ON v.id = r.val';
$q .= ' WHERE r.virtuemart_product_id = '.$product->virtuemart_product_id.' AND r.virtuemart_custom_id = '.$group->virtuemart_custom_id;
$q .= ' ORDER BY ordering';
$db->setQuery($q);

$options = $db->loadObjectList();