Когда применяем фильтр Product Filter by Custom Fields - слетает сортировка товаров. меняем сортировку товаров слетает фильтр..

Чтобы не слетала сортировка при изменении значений фильтра можно поступить так..

Переопределяем шаблон модуля Search (filter) module for Virtuemart 3 multiple customfield plugin

Добавляем в default.php после этого кода

if($link[strlen($link)-1] != '/'){
 $link .= '/';
}

Это примерно 30-я строка, следующий код

$app = JFactory::getApplication();
$orderby = JFactory::getApplication()->input->get('orderby', '', 'STRING');
$context = 'mod_virtuemart_param_filter';
$orderby = $app->getUserStateFromRequest( $context.'orderby', 'orderby', '', 'STRING' );
$link .= 'by,'.$orderby;

Это вариант для случая, когда на сайте используются ЧПУ ссылки.